Im Juni 1886 gründete sich der „Bethesdaverein für allgemeine Krankenpflege zu Elberfeld“ (heute ein Stadtteil von Wuppertal). Die ersten Diakonissen verfügten noch über keine qualifizierte krankenpflegerische Ausbildung und es gab auch noch keine eigene Ausbildungsstätte. Daher wurden die jungen Schwestern in Krankenhäuser nach Berlin geschickt. Zu dieser Zeit wuchs die Bevölkerung der Hauptstadt rasant an und das Massenelend nahm erschreckend zu. Dies blieb den Schwestern keineswegs verborgen und schnell folgten sie dem Ruf zum „Dienst barmherziger Liebe“.
Am 3. Februar 1887 wurde die erste Zweiganstalt des Bethesdavereins in Berlin gegründet. Die Diakonissen arbeiteten zunächst in der Privat- und Armenpflege sowie als Gemeindeschwestern. Ihre Ausbildung erhielten sie in der Charité. 1893 war ihre Zahl bereits auf 20 Diakonissen gewachsen und man unterhielt damals erste kleine Belegkliniken auf Etagen von Wohnhäusern, unter anderem in der Gneisenaustraße, am Blücherplatz und in Neukölln.
Das Krankenhaus Bethesda
Anfang des 20. Jahrhunderts erwarben die Diakonissen von der Reichsbahn das Grundstück in der Dieffenbachstraße 40 in Berlin-Kreuzberg, um dort eine eigene Belegarztklinik zu errichten. 1907 wurde der Grundstein gelegt. Am 9. Dezember 1908 eröffnete das Krankenhaus Bethesda. Es hatte 49 Betten für Kranke und 60 Plätze für die Schwestern und Angestellten.
Im Zweiten Weltkrieg trafen Bomben das Haus, das 1945 nochmals schwer beschädigt wurde. Im Zuge des Wiederaufbaus ab 1946 wurde die Bettenzahl auf 96, später auf 101 erhöht. Im Jahr 1959 kam eine Krankenpflegeschule hinzu, die bis 1979 bestand.
Wohnhaus für die Schwestern
1970 wurde auf dem nördlichen Rand des Grundstücks der Grundstein für das Ernst-Pieper-Haus gelegt, ein Wohnhaus für die Bethesda-Schwestern und Senioren. Benannt ist das Gebäude nach Ernst Pieper, der von 1938 bis 1940 Superintendent der freikirchlichen Evangelischen Gemeinschaft in Berlin war.
Vom Krankenhaus zum Krankenheim
Die wirtschaftliche Rezession Anfang der 1980er-Jahre traf auch das Gesundheitswesen. Das Krankenhaus Bethesda wurde aus dem Landesbedarfsplan gestrichen. Der Senat von Berlin stimmte jedoch der Umwandlung in ein Krankenpflegeheim unter ärztlicher Leitung zu und bewilligte hierfür 2,4 Mio. D-Mark. Nach zweijähriger Umbauzeit wurde das Haus Bethesda 1983 mit 87 Pflegeplätzen wieder eröffnet.
Vom Krankenheim zum Pflegeheim
Mit Einführung der Pflegeversicherung im Jahre 1996 wurde das Haus in ein Seniorenpflegeheim umgewandelt. 1999 legten die Diakonissen den Grundstein für einen modernen Anbau, der im Herbst 2001 in Betrieb genommen werden konnte. Gleichzeitig fanden umfangreiche Restaurierungs- und Umbaumaßnahmen im Altbau statt.
Neue Trägerschaft
Im Jahr 2005 übernahm die Schwesternschaft Bethanien (Bethanien Diakonie) das Haus Bethesda in Kreuzberg.Gleichzeitig kam die Pflegeeinrichtung unter das Dach der AGAPLESION gAG, dem die Bethanien Diakonie im selben Jahr beigetreten war. Seitdem firmiert die Kreuzberger Pflegeeinrichtung unter dem Namen AGAPLESION BETHANIEN HAUS BETHESDA.
Im Norden der Stadt Jerusalem lag der Teich Bethesda mit seiner heilkräftigen Quelle. Um das Wasser herum war ein Gebäude mit fünf Hallen errichtet. In diesen Säulengängen lagen Arme und Kranke und erwarteten Heilung von der Quelle. Zeitweise versiegte das Wasser, um dann umso stärker wieder zu sprudeln. Dieser Zeitpunkt galt als besonders heilungsfördernd, weil „ein Engel herabstieg und das Wasser bewegte“. Die Quelle, der Teich und die Häuser rundum wurden auf hebräisch Bethesda (Ort der Barmherzigkeit) genannt, der „Ort, wo Gott Gnade gibt“. Heute sind nur noch Ruinen des ehemaligen Heilortes zu finden, die Quelle ist versiegt.